In 1988 wordt Schoenmaker als dienstplichtige (ROAG) geplaatst bij een van de voorlopers van het NIMH, waar hij vervolgens als wetenschappelijk medewerker zijn loopbaan voortzet. Hij verdiept zich vooral in de relatie tussen maatschappij en krijgsmacht, zoals onder meer tot uitdrukking komt in zijn in 2009 verschenen dissertatie 'Burgerzin en soldatengeest. De relatie tussen volk, leger en vloot 1832-1914'. Een van zijn andere onderzoeksterreinen is de Tweede Wereldoorlog. Ook publiceerde hij over de Nederlandse betrokkenheid bij vredesoperaties van de VN, vooral de UNIFIL-missie in Libanon. De Slag bij Waterloo geniet al jaren zijn bijzondere belangstelling. Sinds 2012 is hij verbonden aan het Instituut voor Geschiedenis van de Universiteit Leiden, en wel als bijzonder hoogleraar militaire geschiedenis.

Publicaties

• Ben Schoenmaker en Floribert Baudet, Officieren aan het woord. De geschiedenis van de Militaire Spectator, 1832-2007 (Amsterdam 2007).
• Ben Schoenmaker, Burgerzin en soldatengeest. De relatie tussen volk, leger en vloot 1832-1914 (Amsterdam 2009).
• Tjebbe T. de Jong, Ben Schoenmaker en Quirijn van der Vegt, Voor vriend en vijand paraat. De geschiedenis van Vliegbasis Leeuwarden (Franeker 2010).
• Ben Schoenmaker, ‘Maczek’s and Sosabowski’s men: the Polish contribution to the liberation of the Netherlands’ in: Duco Hellema, Ryszard Zelichowski en Bert van der Zwan, eds., Poland and the Netherlands: a case study of European relations (Dordrecht 2011).
• Ben Schoenmaker, ‘Bewondering en afkeer. De Duitse officier als ambivalent voorbeeld voor het Nederlandse officierskorps’ in: Virtus. Jaarboek voor adelsgeschiedenis XVIII (2011) 105-120.
• P.J.M van Uhm en B. Schoenmaker, ‘Military Leadership in a Changing World’ in: Julian Lindley French en Yves Boyer, eds., The Oxford Handbook of War (Oxford 2012), 332-345.
• Ben Schoenmaker, red., 200 jaar Koninklijke Landmacht (Amsterdam 2014).
• Jurriën de Jong, Ben Schoenmaker en Jeroen van Zanten, Waterloo. 200 jaar strijd (Amsterdam 2015).
• Ben Schoenmaker, ‘Booms en Thorbecke. Liberalen onder en tegen elkaar’, in: Anita van Dissel, Jan Hoffenaar en Elsbeth Locher Scholten, red., Wat een vondst. Verhalen uit de geschiedenispraktijk (Amsterdam 2020) 27-41.
• Ben Schoenmaker, ‘In de schaduw van de Grande Armée’, in: Lotte Jensen, red., Napoleons nalatenschap. Sporen in de Nederlandse samenleving (Amsterdam 2020) 215-225.