Na zijn studie Geschiedenis aan de Vrije Universiteit in Amsterdam (1985) vervult Hoffenaar als ‘ROAG-vaandrig’ bij de Sectie Militaire Geschiedenis van de Landmachtstaf (SMG) zijn dienstplicht. Tot 1990 draagt hij het ‘groene pak’, waarna hij als (burger)wetenschappelijk medewerker bij de SMG wordt aangesteld. In 1997 promoveert Hoffenaar aan de Universiteit Leiden op de uitgave van de memoires van CHU-politicus en generaal M.R.H. Calmeyer. Sinds de vorming van het NIMH in 2005 werkt hij als hoofd van de Afdeling Wetenschappelijk Onderzoek. Daarnaast is Hoffenaar sinds 2006 verbonden aan de Universiteit Utrecht, tot 2016 als bijzonder hoogleraar en daarna als gewoon hoogleraar. Sinds 2015 is hij lid van het dagelijks bestuur van International Commission of Military History.

Publicaties

• Daan Sanders en Jan Hoffenaar, ‘Going Nuclear, but How? The Netherlands Army and Tactical Nuclear Warfare in Europe, 1953–1968’ in: International Journal of Military History and Historiography, 42 (2022), 378-412.
• Jan Hoffenaar, ‘Militaire geschiedschrijving in de 21e eeuw’ in: Tijdschrift voor Geschiedenis, 133 (2021), 687–705 .
• Marc van Alphen, Jan Hoffenaar, Alan Lemmers, Christiaan van der Spek, Krijgsmacht en handelsgeest. Om het machtsevenwicht in Europa, 1648-1813 (Amsterdam 2019).
• Jan Hoffenaar, ‘De Nederlandse krijgsmacht in historisch perspectief’ in: E. R. Muller, H. Bosch, I. de Jong, & P. Ducheine (red.), Krijgsmacht: Studies over de organisatie en het optreden (Alphen aan den Rijn, 2017), 47-86.
• Els Boon, Jan Hoffenaar en Wilco Veltkamp (red.), Met het Woord onder de wapenen. Protestantse geestelijke verzorging in de krijgsmacht vanaf 1914 (Zoetermeer, 2016).
• J. Hoffenaar, ‘Die Logik des Kalten Krieges: Fähigkeiten, Absichten, Wahrnehmungen’ in: Jörg Echternkamp & Hans-Hubertus Mack (red.), Geschichte ohne Grenzen? Europäische Dimensionen der Militärgeschichte vom 19. Jahrhundert bis heute (Berlin/Boston 2017) 69-78.
• J. Hoffenaar en D. Krüger, Blueprints for Battle. Planning War in Central Europe, 1948-1968 (Kentucky 2012).
• J. Hoffenaar en C. Findlay, Military Planning for European Theatre Conflict during the Cold War (Zürich 2008).
• Jan Hoffenaar, 'Wordt Nederland verdedigd? De discussie over de hoofdverdedigingslinie van de NAVO in het begin van de jaren vijftig' in: Bijdragen en Mededelingen betreffende de Geschiedenis der Nederlanden, 119 (2004) 174-192.
• Jan Hoffenaar, Jan van der Meulen en Rolf de Winter (eds.), Confrontatie en ontspanning. Maatschappij en krijgsmacht in de Koude Oorlog 1966-1989 (Den Haag 2004).
• Jan Hoffenaar, ‘“Hannibal ante portas”: the Russian military threat and the build-up of the Dutch armed forces, 1945-1958’ in: Journal of Military History, 65 (2002), 163-191.
• J. Hoffenaar en B. Schoenmaker, Met de blik naar het oosten. De Koninklijke Landmacht 1945-1990 (Den Haag 1994).
• J. Hoffenaar en G. Teitler (red.), De Koude Oorlog. Maatschappij en Krijgsmacht in de jaren ’50 (Den Haag 1992).
• G. Teitler en J. Hoffenaar (red.), De Politionele Acties. Afwikkeling en Verwerking (Amsterdam, 1990).